MALDI МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ В ТИПИРОВАНИИ И ВНУТРИВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ НА ОСНОВЕ СОЗДАНИЯ РЕФЕРЕНС–БИБЛИОТЕКИ ПРОТЕОМНЫХ ПРОФИЛЕЙ
Аннотация
Цель: создание персональной релевантной базы данных спектров V.cholerae разных биоваров, серологических групп и токсигенности, которая позволит идентифицировать, дифференцировать и сравнивать микробные изоляты на основе анализа фингерпринтов рибосомальных белковых клеток холерных вибрионов.
Материалы и методы: для создания системы референс-библиотеки масс-зарядов m/z были использованы 100 паспортизированных музейных штаммов, охарактеризованных по комплексу показателей: принадлежность к серогруппе, биовару, объекту и году выделения, наличие генов холерного токсина (ctxAB+).
Результаты: Проведённые исследования позволили создать персональную базу данных расширенной коллекции белковых спектров холерных вибрионов в дополнение к MALDI Biotyper («Bruker Daltonics») (свидетельство о государственной регистрации базы данных «Белковые профили масс-спектров представителей вида V.cholerae для программы MALDI Biotyper» № 2013620585 от 29.04.2013 г.).
Заключение: созданная релевантная база данных белковых спектров позволяет проводить видовую и частично внутривидовую дифференциацию V.cholerae О1 и О139 на основе анализа фингерпринтов рибосомальных белков клеток холерных вибрионов.
Материалы и методы: для создания системы референс-библиотеки масс-зарядов m/z были использованы 100 паспортизированных музейных штаммов, охарактеризованных по комплексу показателей: принадлежность к серогруппе, биовару, объекту и году выделения, наличие генов холерного токсина (ctxAB+).
Результаты: Проведённые исследования позволили создать персональную базу данных расширенной коллекции белковых спектров холерных вибрионов в дополнение к MALDI Biotyper («Bruker Daltonics») (свидетельство о государственной регистрации базы данных «Белковые профили масс-спектров представителей вида V.cholerae для программы MALDI Biotyper» № 2013620585 от 29.04.2013 г.).
Заключение: созданная релевантная база данных белковых спектров позволяет проводить видовую и частично внутривидовую дифференциацию V.cholerae О1 и О139 на основе анализа фингерпринтов рибосомальных белков клеток холерных вибрионов.
Об авторах
Н. Р. Телесманич
Ростовский-на-Дону противочумный институт
Россия
лаборатория экологии холеры
Россия
лаборатория экологии холеры
В. В. Агафонова
Ростовский-на-Дону противочумный институт
Россия
лаборатория экологии холеры
Россия
лаборатория экологии холеры
И. А. Чайка
Ростовский-на-Дону противочумный институт
Россия
лаборатория экологии холеры
Россия
лаборатория экологии холеры
С. О. Сеина
Ростовский-на-Дону противочумный институт
Россия
лаборатория экологии холеры
Россия
лаборатория экологии холеры
О. С. Чемисова
Ростовский-на-Дону противочумный институт
Россия
лаборатория экологии холеры
Россия
лаборатория экологии холеры
Е. В. Гончаренко
Ростовский-на-Дону противочумный институт
Россия
лаборатория экологии холеры
Россия
лаборатория экологии холеры
Е. А. Меньшикова
Ростовский-на-Дону противочумный институт
Россия
лаборатория экологии холеры
Россия
лаборатория экологии холеры
М. В. Полеева
Ростовский-на-Дону противочумный институт
Россия
лаборатория экологии холеры
Россия
лаборатория экологии холеры
Список литературы
1. Кубанова А.А., Говорун В.М., Ильина Е.Н., Верещагин В.А., Фриго Н.В., Припутневич Т.В. Первый опыт применения метода прямого белкового профилирования для идентификации и типирования N. gonorrhoeae // Вестник дерматологии и венерологии. – 2006. ‑- № 5. – С. 25-29.
2. Маянский Н.А., Калакуцкая А.Н., Мотузова О.В., Ломинадзе Г.Г., Крыжановская О.А., Катосова Л.К. MALDI-TOF масс-спектрометрия в рутинной работе микробиологической лаборатории // Вопросы диагностики в педиатрии. – 2011. – Т. 3, № 5. С. 20-25.
3. Benagli С., Demarta A., Caminada A.P., Ziegler D., Petrini O., Tonolla M. A Rapid MALDI-TOF MS Identification Database at Genospecies Level for Clinical and Environmental Aeromonas Strains// PLoS ONE. – 2012. – 7(10): e48441. doi:10.1371/journal.pone.0048441
4. Dieckmann R., Helmuth R., Erhard M., Malorny B. Rapid classification and identification of Salmonellae at the species and subspecies levels by whole-cell matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry// Appl. Environ. Microbiol. – 2008. – Vol. 74. – P. 7767–7778.
5. Dieckmann R., Strauch e., Alter t. Rapid identification and characterization of Vibrio species using whole-cell MALDI-TOF mass spectrometry// j. Appl. Microbiol. – 2010. – vol. 109, № 1. – p. 199-211.
6. Hazen T.H., Martinez R.J., Chen Y., Iafon P.C., Garrett N.M., Parsons M.B., Bopp C.A., Sullards M.C., Sobecky P.A. Rapid identification of Vibrio parahaemolyticus by whole-cell matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry// appl. Environ. Microbiol. – 2009. – vol. 75(21). – p. 6745-6756.
7. Welker M., Moore E.R. Applications of whole-cell matrix-assisted laserdesorption/ionization time-of-flight mass spectrometry in systematic microbiology// Syst. Appl. Microbiol. – 2011. – Vol. 34. – P. 2–11.
8. Williamson Y. M., Moura H., Woolfitt A. R., Pirkle J. L., Barr J. R., Carvalho M. D. G., Ades E. P., Carlone G. M., Sampson J. S. Differentiation of Streptococcus pneumoniae conjunctivitis outbreak isolates by matrix assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry// Appl. Environ. Microbiol. – 2008. – Vol. 74. – P. 5891–5897.
9. Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Остяк А.С., Басов Е.А., Куликалова Е.С., Хинхива Ж.Ю., Урбанович Л.Я., Балахонов С.В., «MALDI TOF - масс-спектрометрический анализ в экспресс - идентификации микроорганизмов рода Vibrio // Матер. XIМежгос. научно-практич. конференции Совр. технологии в совершенствовании мер предупрежд. и ответных действий на ЧС, 2012:160.
10. Водяницкая С.Ю., Телесманич Н.Р., Прометной В.И., Лях О.В., Чемисова О.С. «MALDITOF - протеомный анализ в исследовании судовых балластных вод в портах Ростовской области // Материалы V ежегодного Всероссийского конгресса по инфекционным болезням, 2013:91.
Для цитирования:
Телесманич Н.Р., Агафонова В.В., Чайка И.А., Сеина С.О., Чемисова О.С., Гончаренко Е.В., Меньшикова Е.А., Полеева М.В. MALDI МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ В ТИПИРОВАНИИ И ВНУТРИВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ НА ОСНОВЕ СОЗДАНИЯ РЕФЕРЕНС–БИБЛИОТЕКИ ПРОТЕОМНЫХ ПРОФИЛЕЙ. Медицинский вестник Юга России. 2014;(2):88-91. https://doi.org/10.21886/2219-8075-2014-2-88-91
For citation:
Telesmanich N.R., Agafonova V.V., Chaika I.A., Seina S.O., Chemisova O.S., Goncharenko Y.V., Menshikova E.A., Poleeva M.V. MALDI MASS-SPECTROMETRIC ANALYSIS FOR TYPING AND INTRASPECIES DIFFERENTIATION OF CHOLERA VIBRIOS ON THE BASE OF CONSTRUCTION OF THE REFERENCE LIBRARY OF PROTEOMIC PROFILES. Medical Herald of the South of Russia. 2014;(2):88-91. (In Russ.) https://doi.org/10.21886/2219-8075-2014-2-88-91
Просмотров: 211
Послать статью по эл. почте 