mvjrМедицинский вестник Юга РоссииMedical Herald of the South of Russia2219-80752618-7876The Rostov State Medical University10.21886/2219-8075-2014-2-88-91mvjr-181Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESMALDI МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ В ТИПИРОВАНИИ И ВНУТРИВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ НА ОСНОВЕ СОЗДАНИЯ РЕФЕРЕНС–БИБЛИОТЕКИ ПРОТЕОМНЫХ ПРОФИЛЕЙMALDI MASS-SPECTROMETRIC ANALYSIS FOR TYPING AND INTRASPECIES DIFFERENTIATION OF CHOLERA VIBRIOS ON THE BASE OF CONSTRUCTION OF THE REFERENCE LIBRARY OF PROTEOMIC PROFILESТелесманичН. Р.TelesmanichN. R.

лаборатория экологии холеры

plague@aaanet.ruАгафоноваВ. В.AgafonovaV. V.

лаборатория экологии холеры

ЧайкаИ. А.ChaikaI. A.

лаборатория экологии холеры

СеинаС. О.SeinaS. O.

лаборатория экологии холеры

ЧемисоваО. С.ChemisovaO. S.

лаборатория экологии холеры

ГончаренкоЕ. В.GoncharenkoYe. V.

лаборатория экологии холеры

МеньшиковаЕ. А.MenshikovaE. A.

лаборатория экологии холеры

ПолееваМ. В.PoleevaM. V.

лаборатория экологии холеры

Ростовский-на-Дону противочумный институтРоссияControl Plague Research InstituteRussian Federation201430062014028891Copyright © Телесманич Н.Р., Агафонова В.В., Чайка И.А., Сеина С.О., Чемисова О.С., Гончаренко Е.В., Меньшикова Е.А., Полеева М.В., 20142014Телесманич Н.Р., Агафонова В.В., Чайка И.А., Сеина С.О., Чемисова О.С., Гончаренко Е.В., Меньшикова Е.А., Полеева М.В.Telesmanich N.R., Agafonova V.V., Chaika I.A., Seina S.O., Chemisova O.S., Goncharenko Y.V., Menshikova E.A., Poleeva M.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medicalherald.ru/jour/article/view/181

Цель: создание персональной релевантной базы данных спектров V.cholerae разных биоваров, серологических групп и токсигенности, которая позволит идентифицировать, дифференцировать и сравнивать микробные изоляты на основе анализа фингерпринтов рибосомальных белковых клеток холерных вибрионов.Материалы и методы: для создания системы референс-библиотеки масс-зарядов m/z были использованы 100 паспортизированных музейных штаммов, охарактеризованных по комплексу показателей: принадлежность к серогруппе, биовару, объекту и году выделения, наличие генов холерного токсина (ctxAB+).Результаты: Проведённые исследования позволили создать персональную базу данных расширенной коллекции белковых спектров холерных вибрионов в дополнение к MALDI Biotyper («Bruker Daltonics») (свидетельство о государственной регистрации базы данных «Белковые профили масс-спектров представителей вида V.cholerae для программы MALDI Biotyper» № 2013620585 от 29.04.2013 г.).Заключение: созданная релевантная база данных белковых спектров позволяет проводить видовую и частично внутривидовую дифференциацию V.cholerae О1 и О139 на основе анализа фингерпринтов рибосомальных белков клеток холерных вибрионов.

Purpose: Construction of a personal relevant database on spectra of V. cholerae strains belonging to different biotypes, serological groups and toxigenic levels, which will allow for the identification, differentiation and comparison of bacterial isolates on the base of analysis of V. cholerae ribosomal protein cell fingerprints.Materials and methods: For the construction of the reference library of mass charges m/z 100 passportized strains from museum collection have been used, characterized by the complex of parameters, namely: by serogroup, biotype, object and year of isolation and by the presence of cholera toxin genes (ctxAB+).Results: As the result of the studies performed the personal database has been developed for the expanded collection of Vibrio cholerae protein spectra in addition to MALDI Biotyper (“Bruker Daltonics”) (Certificate of State Registration for database “Proteomic Profiles of Mass-Spectra of Strains Representing V. cholerae Species for MALDI Biotyper Program” No. 2013620585 of 29.04.2013).Summary: The relevant protein spectra database developed provides the possibility to perform interspecies and partial intraspecies differentiation of V. cholerae О1 and О139 strains on the base of analysis of fingerprints of V. cholerae ribosomal protein cells.

холерные вибрионымасс-спектрометрический анализбаза данных белковых профилей холерных вибрионовcholera vibriosmass-spectrometric analysisV. cholerae proteomic profile databaseReferencesКубанова А.А., Говорун В.М., Ильина Е.Н., Верещагин В.А., Фриго Н.В., Припутневич Т.В. Первый опыт применения метода прямого белкового профилирования для идентификации и типирования N. gonorrhoeae // Вестник дерматологии и венерологии. – 2006. ‑- № 5. – С. 25-29.Кубанова А.А., Говорун В.М., Ильина Е.Н., Верещагин В.А., Фриго Н.В., Припутневич Т.В. Первый опыт применения метода прямого белкового профилирования для идентификации и типирования N. gonorrhoeae // Вестник дерматологии и венерологии. – 2006. ‑- № 5. – С. 25-29.Маянский Н.А., Калакуцкая А.Н., Мотузова О.В., Ломинадзе Г.Г., Крыжановская О.А., Катосова Л.К. MALDI-TOF масс-спектрометрия в рутинной работе микробиологической лаборатории // Вопросы диагностики в педиатрии. – 2011. – Т. 3, № 5. С. 20-25.Маянский Н.А., Калакуцкая А.Н., Мотузова О.В., Ломинадзе Г.Г., Крыжановская О.А., Катосова Л.К. MALDI-TOF масс-спектрометрия в рутинной работе микробиологической лаборатории // Вопросы диагностики в педиатрии. – 2011. – Т. 3, № 5. С. 20-25.Benagli С., Demarta A., Caminada A.P., Ziegler D., Petrini O., Tonolla M. A Rapid MALDI-TOF MS Identification Database at Genospecies Level for Clinical and Environmental Aeromonas Strains// PLoS ONE. – 2012. – 7(10): e48441. doi:10.1371/journal.pone.0048441Benagli С., Demarta A., Caminada A.P., Ziegler D., Petrini O., Tonolla M. A Rapid MALDI-TOF MS Identification Database at Genospecies Level for Clinical and Environmental Aeromonas Strains// PLoS ONE. – 2012. – 7(10): e48441. doi:10.1371/journal.pone.0048441Dieckmann R., Helmuth R., Erhard M., Malorny B. Rapid classification and identification of Salmonellae at the species and subspecies levels by whole-cell matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry// Appl. Environ. Microbiol. – 2008. – Vol. 74. – P. 7767–7778.Dieckmann R., Helmuth R., Erhard M., Malorny B. Rapid classification and identification of Salmonellae at the species and subspecies levels by whole-cell matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry// Appl. Environ. Microbiol. – 2008. – Vol. 74. – P. 7767–7778.Dieckmann R., Strauch e., Alter t. Rapid identification and characterization of Vibrio species using whole-cell MALDI-TOF mass spectrometry// j. Appl. Microbiol. – 2010. – vol. 109, № 1. – p. 199-211.Dieckmann R., Strauch e., Alter t. Rapid identification and characterization of Vibrio species using whole-cell MALDI-TOF mass spectrometry// j. Appl. Microbiol. – 2010. – vol. 109, № 1. – p. 199-211.Hazen T.H., Martinez R.J., Chen Y., Iafon P.C., Garrett N.M., Parsons M.B., Bopp C.A., Sullards M.C., Sobecky P.A. Rapid identification of Vibrio parahaemolyticus by whole-cell matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry// appl. Environ. Microbiol. – 2009. – vol. 75(21). – p. 6745-6756.Hazen T.H., Martinez R.J., Chen Y., Iafon P.C., Garrett N.M., Parsons M.B., Bopp C.A., Sullards M.C., Sobecky P.A. Rapid identification of Vibrio parahaemolyticus by whole-cell matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry// appl. Environ. Microbiol. – 2009. – vol. 75(21). – p. 6745-6756.Welker M., Moore E.R. Applications of whole-cell matrix-assisted laserdesorption/ionization time-of-flight mass spectrometry in systematic microbiology// Syst. Appl. Microbiol. – 2011. – Vol. 34. – P. 2–11.Welker M., Moore E.R. Applications of whole-cell matrix-assisted laserdesorption/ionization time-of-flight mass spectrometry in systematic microbiology// Syst. Appl. Microbiol. – 2011. – Vol. 34. – P. 2–11.Williamson Y. M., Moura H., Woolfitt A. R., Pirkle J. L., Barr J. R., Carvalho M. D. G., Ades E. P., Carlone G. M., Sampson J. S. Differentiation of Streptococcus pneumoniae conjunctivitis outbreak isolates by matrix assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry// Appl. Environ. Microbiol. – 2008. – Vol. 74. – P. 5891–5897.Williamson Y. M., Moura H., Woolfitt A. R., Pirkle J. L., Barr J. R., Carvalho M. D. G., Ades E. P., Carlone G. M., Sampson J. S. Differentiation of Streptococcus pneumoniae conjunctivitis outbreak isolates by matrix assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry// Appl. Environ. Microbiol. – 2008. – Vol. 74. – P. 5891–5897.Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Остяк А.С., Басов Е.А., Куликалова Е.С., Хинхива Ж.Ю., Урбанович Л.Я., Балахонов С.В., «MALDI TOF - масс-спектрометрический анализ в экспресс - идентификации микроорганизмов рода Vibrio // Матер. XIМежгос. научно-практич. конференции Совр. технологии в совершенствовании мер предупрежд. и ответных действий на ЧС, 2012:160.Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Остяк А.С., Басов Е.А., Куликалова Е.С., Хинхива Ж.Ю., Урбанович Л.Я., Балахонов С.В., «MALDI TOF - масс-спектрометрический анализ в экспресс - идентификации микроорганизмов рода Vibrio // Матер. XIМежгос. научно-практич. конференции Совр. технологии в совершенствовании мер предупрежд. и ответных действий на ЧС, 2012:160.Водяницкая С.Ю., Телесманич Н.Р., Прометной В.И., Лях О.В., Чемисова О.С. «MALDITOF - протеомный анализ в исследовании судовых балластных вод в портах Ростовской области // Материалы V ежегодного Всероссийского конгресса по инфекционным болезням, 2013:91.Водяницкая С.Ю., Телесманич Н.Р., Прометной В.И., Лях О.В., Чемисова О.С. «MALDITOF - протеомный анализ в исследовании судовых балластных вод в портах Ростовской области // Материалы V ежегодного Всероссийского конгресса по инфекционным болезням, 2013:91.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.