Медицинские процедуры гендерного перехода обладают доказанной эффективностью в снижении гендерной дисфории, однако механизмы из воздействия до конца не известны. Заместительная гормональная терапия (ЗГТ) и хирургические вмешательства изменяют половые признаки, восприятие которых самим человеком и вносит, согласно биомедицинской модели, основной вклад в снижение гендерной дисфории. Другим, менее изученным, механизмом возникновения гендерной дисфории является восприятие окружающими человека как представителя не того пола и/или их негативная реакция. Для проведения эпидемиологических исследований высокого качества необходимо учитывать и уметь измерять такие промежуточные исходы, как степень феминизации/маскулинизации и гендер, в котором воспринимается человек. Половые признаки человека поддаются измерению, в связи с чем теоретически возможно разработать шкалу феминизации-маскулинизации, однако задача осложняется тем, что не все половые признаки вносят одинаковый вклад в восприятие человека окружающими как женщины или мужчина, в связи с чем они должны входить в шкалу с разными коэффициентами. Хотя такие коэффициенты могут быть получены из контролируемых экспериментов, в реальном мире атрибуция гендера зависит от многочисленных социальных факторов. Реакция окружающих на воспринимаемый гендер человека является дополнительным социальным фактором, вносящим вклад в социальную гендерную дисфорию. Отдельной проблемой является установление биологических факторов, влияющих на эффективность ЗГТ в феминизации и маскулинизации.